質譜儀的掃描模式有全掃描、選擇離子掃描、子離子掃描、母離子掃描、中性碎片丟失掃描和多反應掃描等。
一、全掃描（FullScan）：
掃描的質量範圍覆蓋被測化合物的分子離子和碎片離子的質量，得到的是化合物的全譜，可以進行譜庫檢索。
一般用於未知化合物定性分析。
二、選擇離子掃描（SIM）：
不是連續掃描某一質量範圍，而是跳躍式地掃描某幾個選定的質量，得到的不是化合物的全譜。
主要用於化合物檢測和復雜混合物中雜質的定量分析。
三、子離子掃描（ProductScan）：
*個質量分析器固定掃描電壓，選擇某一質量的母離子進入碰撞室，與碰撞室內的碰撞氣體發生碰撞誘導裂解，第二個質量分析器進行全掃描，得到的所有碎片離子都是由選定的母離子產生的子離子。
主要用於化合物結構分析。
四、母離子掃描（PrecursorScan）：
*個質量分析器選擇母離子進入碰撞室，與碰撞室內的碰撞氣體發生碰撞誘導裂解，第二個質量分析器固定掃描電壓，只選擇某一特徵離子質量掃描，該特徵離子是由所選擇的母離子產生的，由此得到所有能產生該子離子的母離子質譜。
主要用於同系物分析。
五、中性碎片丟失掃描（NeutralLoss）：
*個質量分析器選擇所有離子進入碰撞室，與碰撞室內的碰撞氣體發生碰撞誘導裂解，第二個質量分析器以與*個質量分析器固定質量差聯動掃描，檢測丟失該固定質量中性碎片的離子對，得到中性碎片質譜。即*個質量分析器掃描產生中性丟失的母離子，第二個質量分析器掃描丟失了指定中性碎片的子離子。
主要用於中性碎片分析。
六、多反應掃描（MRM）：
*個質量分析器選擇一個或多個特徵離子進入碰撞室，與碰撞室內的碰撞氣體發生碰撞誘導裂解，第二個質量分析器進行選擇離子掃描，只有符合特定條件的離子才能被檢測到。專屬性更強，信噪比更高。
主要用於化合物定量分析。